Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan hidup di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas ternama di Amerika Serikat, meskipun ia berhasil di sekolah menengahnya.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berdekatan dengan rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang kemudian mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai redaktur kepala majalah sekolah. Terutama, selama masa ini, Prabowo merupakan satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
